Parte dell’attuale Masseria Sant’Elia esisteva già dal 1568 nelle terre dell’onorabile Francesco Angelino, trappetaro, che possedeva 35 tomoli nella contrada anticamente detta Sant’Elia; nelle stesse si erigeva anche una chiesa che gli storici definiscono “di grande culto”. Nel marzo 1690 i frati francescani conventuali di Martina Franca acquistarono la masseria per 271 ducati e 60 grana, iniziando così a curare le terre “macchiose”, la vecchia chiesa e la costruzione originaria. Dopo pochi anni però i francescani cedettero tale proprietà a Donato Antonio Angelini in cambio dei suoi terreni. Questi nel 1727 abbatté l’antica chiesa per costruirne una nuova nello iazzile della masseria e dispose altresì un testamento che riconsegnava ai conventuali la proprietà. Fu così che i frati ne beneficiarono sino alla soppressione degli ordini ecclesiastici, sancita nel 1809 dal re di Napoli Gioacchino Murat. Dopo il passaggio al Regio Demanio il bene fu poi venduto a privati di Locorotondo. Il toponimo S.Elia sembra derivare proprio dalla chiesetta medievale abbattuta dall’Angelini.
Ubicata su un’altura, fronteggia la piccola chiesa sconsacrata risalente al 1727; sul portale di quella che divenne in seguito la casa padronale appaiono lo stemma lapideo dell’Ordine dei frati minori conventuali e il millesimo 1793.

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