Le prime notizie di Gnathia risalgono al 1561, quando Leandro Alberti accenna a i vestigi dell’antica città di Egnazia fra cespugli, urtiche e pruni, mentre del secolo successivo è la prima testimonianza del rinvenimento di sepolture con ricchi corredi funerari. A Francesco M. Pratilli, antiquario e studioso di archeologia, si deve, nel 1745, la prima pianta schematica della città in cui sono evidenziati i monumenti allora visibili, tra cui il criptoportico e la necropoli litoranea. La prima descrizione delle strutture antiche è contenuta, invece, nell’opera di Ludovico Pepe del 1882, interamente dedicata ad Egnazia, dove viene per la prima volta denunciata la pratica dello scavo clandestino. Anche per arginare questo fenomeno, Quintino Quagliati, Direttore dell’Ufficio scavi e del Museo Nazionale di Taranto, dà inizio alla fine del 1912 alle ricerche ufficiali, durate per tutto il 1913, su una lunga fascia che da Nord comprende parte della piazza mercato, un tratto della via Traiana, il settore residenziale a Sud della strada e la basilica meridionale. Indagini sistematiche hanno interessato la città dal 1963 al 1971 a cura degli Uffici ministeriali preposti alla tutela. A partire dal 2001, un programma di ricerca del Dipartimento di Scienze dell’Antichità e del Tardoantico dell’Università degli Studi di Bari Aldo Moro, in stretta collaborazione con la Soprintendenza Archeologia della Puglia, ha indagato sistematicamente la piazza mercato, il quartiere a Sud della via Traiana, la basilica episcopale, l’area dell’acropoli e ha evidenziato per la prima volta il settore a Sud del foro con le terme.

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